General help for CLUSTAL X (1.8)
Clustal X는 원도우용의 ClustalW multiple sequence alignment program으로서 multiple sequence와 profile을 배열하고 결과를 분석해준다. 서열배열은 윈조우 상의 화면에 전개되고 보존된 특성들을 잘 보이기 위해 색깔을 변경할 수 있다. Pull-down menu들을 통해 사양들을 선택할 수 있다. 배열의 순서를 바꾸기 위해 서열들을 자르고 붙일 수 있으며, 부분적인 서열을 선택하여 배열할 수도 있다. 그리고 배열된 것의 어떤 부분 만을 재배열한 후 나중에 원래의 배열에 삽입할 수도 있다. 배열된 상태의 질적인 분석도 가능하며 낮은 score의 부분이나 잔기들을 잘 보이게할 수 있다.
서열들이나 profile들 (a term for pre-existing alignments)은 FILE menu를 사용하여 입력한다. 불가능한 사양들은 작동되지 않도록 하였다. 모든 서열들은 하나의 file 내에 존재하여야만 한다. 7 가지 형식들은 자동으로 인식된다: NBRF/PIR, EMBL/SWISSPROT, Pearson (Fasta), Clustal (*.aln), GCG/MSF (Pileup), GCG9 RSF and GDE flat file. 모든 non-alphabetic 문자들 (spaces, digits, punctuation marks)은 무시된다. 다만 "-" 은 GAP을 표시하는데 사용된다 ("." in MSF/RSF).
Clustal X는 sequence display 위에 보이는 두 개의 two mode 중 하나를 선택할 수 있다: MULTIPLE ALIGNMENT MODE and PROFILE ALIGNMENT MODE.
서열들에 MULTIPLE ALIGNMENT를 수행하기 위해서는 MULTIPLE ALIGNMENT MODE 가 선택되었는지 확인하라. 그러면 하나의 서열자료가 전개된다. ALIGNMENT menu는 guide tree for the alignment, a multiple alignment following the guide tree, 또는 a full multiple
alignment를 가능케 한다.
PROFILE ALIGNMENT MODE에서는 두 개의 서열자료가 전개되어 2 개의 alignment (termed profiles)을 가능케 한다. Profile들은 새로운 서열을 기존의 배열에 삽입하거나 이차구조 (secondary structure)로 하여금 배열과정을 이끌게 하는데 사용한다. 기존의 배열들에 있는 GAP들은 "-"로 표시된다. PROFILES는 허용되는 형식이면 어느 것이던 입력된다; 각 gap의 위치는 "-" (or "." for MSF/RSF)를 사용한다. Profile Alignment Mode에서는 "Lock Scroll" 버튼이 전개되어 하나의 scroll bar를 사용하여 두 개의 profile을 동시에 사용토록 해준다. Lock Scroll 이 커지면 두 개의 profile은 독립적으로 움직인다.
계통수들은 기존의 alignments (read in with "-" characters to indicate gaps)로부터 계산되거나 alignment가 전개된 상태로 multiple alignment 후에 계산된다.
ALIGNMENT DISPLAY
Alignment 왼쪽편에 서열의 명칭과 함께 전개된다. 배열된 서열은 교정될 수 없다 (단지 서열 명칭을 오리거나 붙여 그 순서는 바꿀 수 있다.
Ruler 가 첫 번째 잔기에 대해 1부터 시작하여 서열 밑에 전개된다. (입력된 서열에서의 잔기수는 무시된다).
Alignment 위의 선은 잘 보존된 위치들을 표시하기 위해 사용된다. 세가지 기호 ('*', ':' and '.')가 사용된다.
'*' 은 하나의 완전히 보존된 잔기를 가리킨다.
':' 은 하단의 'strong' group들 중 하나가 완전히 보존되었을 때 사용된다.
STA
NEQK
NHQK
NDEQ
QHRK
MILV
MILF
HY
FYW
'.' 은 하단의 'weaker' group들 중 하나가 완전히 보존되었을 때 사용된다.
CSA
ATV
SAG
STNK
STPA
SGND
SNDEQK
NDEQHK
NEQHRK
FVLIM
HFY
이들은 모두 Gonnet Pam250에서 발생하는 positively scoring group들이다. Strong and weak group들은 strong score >0.5 와 weak score =<0.5 로 정의된다.
Profile alignment들에서 secondary structure 와 gap penalty masks 들은 만약 profile input file에 어떤 자료가 발견되면 서열들의 위에 전개된다.