Input / Output Files
LOAD SEQUENCES 는 서열들을 7가지 file format들 중 하나로부터 읽는다. 그리고 이미 올려진 서열들을 대치한다. 이 프로그램은 자동으로 사용되는 file format들을 인식하며 서열이 아미노산인지 nucleotide인지 알아낸다. 그러나 언제나 정확한 것은 아니다.
FASTA 와 NBRF/PIR formats 은 file의 첫 문자가 ">"를 가지는 것으로 인식한다.
EMBL/Swiss Prot formats은 file의 첫 문자가 "ID" 인 것을 인식한다 (the token for the entry name field).
CLUSTAL format 은 file의 시작이 CLUSTAL 인 것을 인식한다.
GCG/MSF format 은 다음 중 하나로 인식된다.
- the word PileUp at the start of the file.
- the word !!AA_MULTIPLE_ALIGNMENT or !!NA_MULTIPLE_ALIGNMENT
at the start of the file.
- the word MSF on the first line of the file, and the characters ..
at the end of this line.
GCG/RSF format 은 file의 첫 문자에 !!RICH_SEQUENCE 가 있는 것을 인식한다.
APPEND SEQUENCES 는 MULTIPLE ALIGNMENT MODE에서만 유효하다. 입력된 서열들은 이미 올려진 것들과 대치되지는 않으나 배열의 끝에 붙여진다.
SAVE SEQUENCES AS... 는 사용자로 하여금 5가지 output formats 중 하나를 선택할 수 있게 한다: CLUSTAL, NBRF/PIR, GCG/MSF, PHYLIP or GDE. 모든 서열들은 하나의 file로 출력된다. Alignment의 일부분만을 저장할 수 있다. GDE files들에 대해서는 UPPER/LOWER case를 선택하고, CLUSTAL files에 대해서는 SEQUENCE NUMBERING을 출력한다.
LOAD PROFILE 1 은 이미 Profile 1에 올려진 서열들을 대치하면서 서열들을 읽는다. 이 option은 Profile 2에 올려진 서열들을 제거한다.
LOAD PROFILE 2 은 이미 Profile 2에 올려진 서열들을 대치하면서 서열들을 읽는다.
SAVE PROFILE 1 AS... 은 Save Sequences option 과 유사하다. 다만 Profile 1에 있는 서열들만이 output file에 쓰여질 것이다.
SAVE PROFILE 2 AS... 은 Save Sequences option 과 유사하다. 다만 Profile 2에 있는 서열들만이 output file에 쓰여질 것이다.
WRITE ALIGNMENT AS POSTSCRIPT 는 전개된 서열을 postscript format file로 쓴다. 이것은 화면에 전개된 secondary structure / gap penalty mask information 그리고 consensus 와 ruler line들도 포함한다. Alignment Quality curve 도 output file에 포함될 수 있다.
WRITE PROFILE 1 AS POSTSCRIPT 은 WRITE ALIGNMENT AS POSTSCRIPT과 유사하다. 다만 profile 1 display 만 프린트된다.
WRITE PROFILE 2 AS POSTSCRIPT 은 WRITE ALIGNMENT AS POSTSCRIPT과 유사하다. 다만 profile 2 display 만 프린트된다.
POSTSCRIPT PARAMETERS에는 postscript output file을 만들 수 있는 여러 가지 option들이 이용될 수 있다.
PS COLORS FILE: postscript printer에서 색깔을 지정하는데 사용된다.
Clustal X는 현재 directory의 'colprint.par'라 불리는 file을 찾도록 설정되어 있다 (if your running under UNIX, it then looks in your home directory, and finally in the directories in your PATH environment variable). 만약 PS colors file이 발견되지 않거나 스크린에 사용되는 color가 정의되어 있지 않다면, screen RGB 값들 (from the Color Parameter File)이 사용된다.
PS colors file은 각각의 색깔이 정의되는 하나의 line으로 구성되어 있으며 색깔명 뒤에는 RGB 값들 (on a scale of 0 to 1)이 따른다. 예를 들면, RED 0.9 0.1 0.1
Blank lines 과 comments (lines beginning with a '#' character)는 무시된다.
PAGE SIZE: 배열은 A4, A3 또는 US Letter size page들에 프린트된다.
ORIENTATION: 배열은 landscape 나 portrait page에 프린트된다.
PRINT HEADER: postscript filename과 creation date를 포함하는 optional header가 각 페이지의 상부에 프린트된다.
PRINT QUALITY CURVE: 스크린 상의 배열 하단에 전개되는 Alignment Quality curve가 postscript output에 포함될 수 있다.
PRINT RULER: 스크린에서 배열 하단에 전개되는 ruler가 postscript output에 포함될 수 있다.
PRINT RESIDUE NUMBERS: Sequence residue number들이 배열의 오른편에 프린트될 수 있다.
RESIZE TO FIT PAGE: alignment는 선택된 페이지 크기에 맞도록 조절된다. 이 option은 꺼질 수 있으며, 이 경우 font size 10이 서열들에 사용된다.
PRINT FROM POSITION/TO: alignment의 일부분이 프린트될 수 있다. 설정은 full alignment를 프린트하는 것이다. 여기에는 프린트될 처음과 마지막 잔기들이 지정되어 있다.
USE BLOCK LENGTH: 배열이 잔기들의 block들로 나뉘어진다. Block 내 잔기들의 수는 여기서 지정된다. 하나 이상의 block은 한 페이지에 프린트된다. 이것은 적은 수의 서열들을이 길게 배열될 때 유용하다. Block 길이를 0으로 놓으면, 배열은 block으로 나뉘지 않고 페이지 수에 따라 프린트된다.