Editing Alignments
서열의 명칭을 자르고 붙이면 서열들의 순서를 바꿀 수 있다.
제거될 서열들의 그룹을 선택하려면 서열명칭에 마우스를 클릭하고 필요한 서열들까지 끌어준다. 첫 번째 이름을 클릭하면서 Shift 키를 누르고 있으면 이미 선택된 새로운 서열이 추가된다. (Options are provided to Select All Sequences, Select Profile 1 or Select Profile 2.)
선택된 서열들은 EDIT menu의 CUT option을 사용하여 제거될 수 있다.
제거된 서열들을 다시 넣기 위해서는 서열 명칭에 클릭하여 EDIT menu에서 PASTE option을 사용한다. 그러면 선택된 서열 뒤로 제거된 서열들이 삽입된다.
제거된 서열을 빈 배열에 첨가하려면 (즉 Profile 1에서 서열을 잘라내어 Profile 2에 넣고자 할 때), 빈 서열명칭에 클릭하고 EDIT menu에서 PASTE option을 사용한다.
서열선택과 서열범위 선택은 EDIT menu의 CLEAR SEQUENCE SELECTION and CLEAR RANGE SELECTION options을 각각 사용한다.
서열들에서 일련의 잔기들을 찾고자 하면 찾을 서열명칭을 클릭한다. SEARCH FOR STRING option을 선택하면 원하는 곳으로 들어간다. 만약 잔기들이 선택된 서열들에서 발견되면 서열이름과 column number가 전개된 서열 하단에 인쇄된다.
PROFILE ALIGNMENT MODE에서는 두 개의 profile이 합쳐질 수 있다 (보통 배열 후에 이루어진다). ADD PROFILE 2 TO PROFILE 1를 선택하면 Profile 2에 전개된 서열들이 Profile 1에 첨가된다.
The REMOVE ALL GAPS option 은 현재 선택된 서열들로부터 모든 gap들을 제거한다. 주의할 것은 이 option은 ClustalX에 의한 것 만이 아니라 입력된 alignment file로부터 읽혀진 것들까지 모든 ALL gap들을 제거한다. Alignment와 연관된 secondary structure 정보는 자동으로 재배열되지는 않는다.
REMOVE GAP-ONLY COLUMNS 은 모든 서열들에 gap이 포함된 배열에서 이들을 제거한다. 이것은 alignment에서 분기된 서열을 제거한 결과로 일어나거나 alignment가 다시 이루어졌을 때 일어난다.