Scop Classification Statistics

SCOP: Structural Classification of Proteins. 1.63 release
18946 PDB Entries (1 March 2003). 49497 Domains. 28 Literature References
(excluding nucleic acids and theoretical models)

Class	Number of folds	Number of superfamilies	Number of families

All alpha proteins	171	286	457
All beta proteins	119	234	418
Alpha and beta proteins (a/b)	117	192	501
Alpha and beta proteins (a+b)	224	330	532
Multi-domain proteins	39	39	50
Membrane and cell surface proteins	34	64	71
Small proteins	61	87	135
Total	765	1232	2164

SCOP site

Access method에 여러 가지가 있지만 Enter SCOP at the top of the hierarchy 로 들어가면 Class별로 분류된 단백질들을 볼 수 있다. 하나씩 열어보면 Fold, Superfamily, Family, Domain 순으로 분류된 단백질들의 종류와 구조를 볼 수 있다.

문제

1. TIM beta/alpha-barrel은 어떤 Class에 속하는 Fold인가?

2. TIM beta/alpha-barrel에 해당하는 Fold에는 몇가지 Superfamily가 존재하는가?

3. 이들 중 한가지 단백질의 구조를 triosephosphate isomerase의 것과 비교하여 제출하라.