단백질 구조들은 크게 3가지의 부류로 구분된다. SCOP 웹사이트를 참조하면 실제로는 더많은 부류로 나뉘어지나 이들 세가지가 기본이 됨을 알 수 있다. 대부분의 도메인 구조들은 중심이 모티브들의 조합으로 구성될 수 있으며 여러 가지 도메인 그룹으로의 분류에 기초가 된다.
알파 구조에서는 중심은 거의 알파나선으로 구성되며, 베타 구조에서는 중심은 역평행 베타판으로 이루어진다. a/b 구조들은 주로 알파나선들에 둘러싸여 평행 베타판을 형성하는 b-a-b 모티브들의 조합으로 만들어진다. 어떤 단백질들은 분명하게 구분된 a와 b 모티브들의 조합으로 이루어져, 몇 개의 알파나선들과는 별도로 이루어진 작은 역평행 베타판의 도메인을 가진다. 이러한 구조들은 작은 4번째 그룹에 속한다. 이들 그룹 이외에도 이황화가교, 금속이온이 풍부하여 독특한 그룹을 이루는 작은 단백질들이 많이 있다. 이들 단백질의 구조는 이러한 금속이온이나 이황화가교에 의한 영향을 많이 받으며 보다 규칙적인 단백질들의 뒤틀린 변형으로 보인다.

 

구조적 분류

주요 집단

pdb file

α (알파 도메인 구조)

4-나선 다발

E. coli Rop

globin-접힘

human myoglobin

β (역평행 베타 구조)

닫혀진 α/β 원통

triosephosphate isomerase
cat pyruvate kinase

α/β 열려진 판 구조

E.coli adenylate kinase

α/β(α/β 구조)

up-and-down 원통

Influenza Virus A neuraminidase

그리이스 문양 원통

g-crytallin

젤리롤 원통

hemagglutinin
headpiece
   of influenza virus (Strain x-31)