Colors

Clustal X는 sequence alignment display를 위해 다양한 coloring scheme을 제공한다. 서열들 (또는 profile들)을 올리면 자동으로 색깔이 주어진다. 서열들은 특정한 잔기들에 색갈을 지정하거나 alignment consensus에 근거하여 색깔들이 주어진다. 후자의 경우 alignment consensus는 자동으로 계산되고 각 column의 잔기들은 그 column에 지정된 consensus character에 따라 색깔이 주어진다.

이런 방식으로 배열 내의 보존된 친수성 또는 소수성 위치들을 잘 보이게 선택할 수 있다.

배열을 색칠하는데 사용되는 'rules'은 COLOR PARAMETER FILE에 있다. Clustal X는 자동적으로 현재의 directory에서 단백질 서열에 대해서는 'colprot.par'라 불리는 file을 찾고, DNA에 대해서는 'coldna.par'를 찾는다. (If your running under UNIX, it then looks in your home directory, and finally in the directories in your PATH environment variable).

설정값에 의해 만약 color parameter file이 발견되지 않으면 단백질 서열들은 다음과 같이 잔기들의 색깔이 표시된다.

Color	Residue Code

ORANGE	GPST

RED	HKR

BLUE	FWY

GREEN	ILMV

DNA 서열의 경우 default color들은 다음과 같다.

Color	Residue Code

ORANGE	A

RED	C

BLUE	T

GREEN	G

미리 설정된 BACKGROUND COLORING option은 서열잔기들을 colored background에 문자를 사용하여 보여준다. 이것은 switched off 되면 colored character를 white background에 보여준다.

BLACK AND WHITE or DEFAULT COLOR option들이 선택될 수 있다. Color option은 우선 color parameter file (as described above)을 찾고, 만약 없으면 default residue-specific color들을 사용한다.

자신만의 coloring scheme을 LOAD COLOR PARAMETER FILE option을 사용하여 만들 수 있다. Color parameter file의 format은 밑에 기술되어 있다.

COLOR PARAMETER FILE

이 file은 3 section들로 나뉘어 있다:

1) the names and rgb values of the colors

2) the rules for calculating the consensus

3) the rules for assigning colors to the residues

An example file is given here.

--------------------------------------------------------------------

@rgbindex

RED          0.9 0.1 0.1

BLUE         0.1 0.1 0.9

GREEN        0.1 0.9 0.1

YELLOW       0.9 0.9 0.0

@consensus

% = 60% w:l:v:i:m:a:f:c:y:h:p

# = 80% w:l:v:i:m:a:f:c:y:h:p

- = 50% e:d

+ = 60% k:r

q = 50% q:e

p = 50% p

n = 50% n

t = 50% t:s

@color

g = RED

p = YELLOW

t = GREEN if t:%:#

n = GREEN if n

w = BLUE if %:#:p

k = RED if +

--------------------------------------------------------------------

첫번째 section은 선택사양으로 header @rgbindex에 의해 인식된다. 만약 이 section이 존재하면 file에 사용되는 각 색깔은 이름이 주어져야하고 rgb 값들도 지정되어야 한다 (on a scale from 0 to 1). 만약 rgb index section이 발견되지 않으면 다음과 같은 hard-coded color들의 set이 사용될 것이다.

RED          0.9 0.1 0.1

BLUE         0.1 0.1 0.9

GREEN        0.1 0.9 0.1

ORANGE       0.9 0.7 0.3

CYAN         0.1 0.9 0.9

PINK         0.9 0.5 0.5

MAGENTA      0.9 0.1 0.9

YELLOW       0.9 0.9 0.0

두 번째 section은 선택사양으로 header @consensus에 의해 인식된다. 이것은 어떻게 consensus가 계산되는지 정의를 내린다.

각 consensus parameter의 format은 :-

c = n% residue_list

where

c             is a character used to identify the parameter.

n             is an integer value used as the percentage cutoff

point.

residue_list  is a list of residues denoted by a single

character, delimited by a colon (:).

예를 들어: # = 60% w:l:v:i 은 60% 이상의 w,l,v,i 잔기들을 포함하는 배열의 어떤 column에든 consensus character # 를 부여할 것이다.

세 번째 section은 header @color에 의해 인식되며 어떻게 color들이 배열내의 각 잔기에 정해지는지를 정의내린다.

The color parameters can take one of two formats:

1) r = color

2) r = color if consensus_list

where

r             is a character used to denote a residue.

color         is one of the colors in the GDE color lookup table.

residue_list  is a list of residues denoted by a single

character, delimited by a colon (:).

Examples:

1) g = ORANGE will color all glycines ORANGE, regardless of the consensus.

2) w = BLUE if w:%:# will color BLUE any tryptophan which is found in a column with a consensus of w, % or #.