Profile and Structure Alignments

PROFILE ALIGNMENT 란 기존의 배열들을 사용하여 배열하는 것으로 정의한다. 이것은 선호하는 서열들의 alignments를 저장하고 이것들에 새로운 서열들을 한번에 묶음으로 첨가한다. Profile은 단순히 하나 또는 그 이상의 서열들의 배열이다 (eg. an alignment output file from Clustal X). 각각의 입력은 하나의 서열일 수 있다. 하나 또는 두가지 세트의 입력서열들은 배열들을 이끌기 위해 secondary structure assignments 나 gap penalty masks를 포함할 수 있다.

우선 PROFILE ALIGNMENT MODE를 선택하고 ALIGNMENT menu에서 profile and secondary structure alignments를 실시한다.

Profile들은 허용되는 입력 형식이면 어느 것이던 상관없다. 두 개의 profile들을 FILE, LOAD PROFILE 1 and  LOAD PROFILE 2를 선택하여 입력한다. 그 다음 ALIGNMENT, ALIGN PROFILE 2 TO PROFILE 1을 선택하면 두 profile들을 서로에 대해 배열할 것이다. 어느 profile 에 있는 secondary structure masks던지 alignment를 이끌 수 있다. 이 option은 profile 1에 있는 모든 서열들을 profile 2에 있는 모든 서열들에 비교하여, sequence weights를 계산하는데 사용되고 마지막 profile alignment를 위한 적절한 alignment parameters를 선택하는 guide tree들을 구축한다.

첫 번째 단계 (pairwise alignments; guide trees)는 기존의 guide tree file들을 사용하여 건너뛸 수 있다 (ALIGN PROFILES FROM GUIDE TREES).

ALIGN SEQUENCES TO PROFILE 1 option은 2번째 profile에 있는 서열들을 취하여 첫 번째 profile에 한번에 하나씩 배열한다.  이것은 새로운 서열들을 기존의 배열에 첨가하거나 서열들의 묶음을 알려진 구조에 배열하는데 좋다. 이 경우 2번째 profile set는 미리 배열될 필요가 없다.

Alignment parameter들은 ALIGNMENT PARAMETERS menu를 사용하여 조절될 수 있다. Pairwise Parameters, Multiple Parameters and Protein Gap Parameters options. 이것들은  general, automatic multiple alignment 과정에서 사용되는 parameter들과 동일한다. General multiple alignment 과정은 단순히 profile alignment들의 연속이다. 일련의 profile alignments를 보다 큰 group의 서열들에서 수행하는 것은 complete alignment를 수동으로 만들게 해준다.

SECONDARY STRUCTURE PARAMETERS

이 menu는 secondary structure options을 선택하는데 사용한다. 만약 구조가 밝혀져 있다면, 이차구조 element들 내에 gap penalty들을 올려 alignment를 이끄는데 사용될 수 있다. 그렇게되면 gap들은 주로 구조를 이루지 않는 표면 고리 영역들에 삽입될 것이다. 또는 user-specified gap penalty mask가 유사한 목적으로 제공될 수도 있다.

Gap penalty mask는 alignment에서 위치당 하나씩 1에서 9 사이의 일련의 숫자들이다. 각 숫자는 얼마나 큰 gap opening penalty가 그 위치에서 올려져야만 하는지를 지정한다 (basic gap opening penalty를 그 숫자로 곱하여 올린다). 즉, 어떤 위치에서 mask 숫자 1은 gap opening penalty에 변화가 없다는 것이다; 숫자 4는 gap opening penalty가 그 위치에서 4배나 크다는 것으로 gap들을 열기가 4배나 어렵게 만든다.