Input / Output Files

LOAD SEQUENCES 는 서열들을 7가지 file format들 중 하나로부터 읽는다. 그리고 이미 올려진 서열들을 대치한다.  이 프로그램은 자동으로 사용되는 file format들을 인식하며 서열이 아미노산인지 nucleotide인지 알아낸다.

FASTA 와 NBRF/PIR formats 은 file의 첫 문자가 ">"를 가지는 것으로 인식한다.

APPEND SEQUENCES 는 MULTIPLE ALIGNMENT MODE에서만 유효하다. 입력된 서열들은 이미 올려진 것들과 대치되지는 않으나 배열의 끝에 붙여진다.

SAVE SEQUENCES AS... 는 사용자로 하여금 5가지 output formats 중 하나를 선택할 수 있게 한다: CLUSTAL, NBRF/PIR, GCG/MSF, PHYLIP or GDE. 모든 서열들은 하나의 file로 출력된다. Alignment의 일부분만을 저장할 수 있다. GDE files들에 대해서는 UPPER/LOWER case를 선택하고, CLUSTAL files에 대해서는 SEQUENCE NUMBERING을 출력한다.

LOAD PROFILE 1 은 이미 Profile 1에 올려진 서열들을 대치하면서 서열들을 읽는다. 이 option은 Profile 2에 올려진 서열들을 제거한다.

LOAD PROFILE 2 은 이미 Profile 2에 올려진 서열들을 대치하면서 서열들을 읽는다.

SAVE PROFILE 1 AS... 은 Save Sequences option 과 유사하다. 다만 Profile 1에 있는 서열들만이 output file에 쓰여질 것이다.

SAVE PROFILE 2 AS... 은 Save Sequences option 과 유사하다. 다만 Profile 2에 있는 서열들만이 output file에 쓰여질 것이다.